Массив должен быть таким:
[[[0,0], [0,1], [0,2], [0,3]],
[[1,0], [1,1], [1,2], [1,2]],
[[2,0], [2,1], [2,2], [2,2]]]
Моя попытка (очень неэффективная):
coord = np.empty((height, width, 2))
for h in range(height):
for w in range(width):
for z in range(2):
coord[h][w][z] = h if z == 0 else w