Сравнение столбцов в одной группе

avatar
GOGA GOGA
9 августа 2021 в 03:10
103
1
0

Мой фрейм данных:

data <- structure(list(group = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), col1 = c(9, 
9.05, 7.15, 7.21, 7.34, 8.12, 7.5, 7.84, 7.8, 7.52, 8.84, 6.98, 
6.1, 6.89, 6.5, 7.5, 7.8, 5.5, 6.61, 7.65, 7.68), col2 = c(11L, 
11L, 10L, 1L, 3L, 7L, 11L, 11L, 11L, 11L, 4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 
2L, 1L, 4L, 8L, 8L, 1L), col3 = c(7L, 11L, 3L, 7L, 11L, 2L, 11L, 
5L, 11L, 11L, 5L, 11L, 11L, 2L, 9L, 9L, 3L, 8L, 11L, 11L, 2L), 
    col4 = c(11L, 11L, 11L, 11L, 6L, 11L, 11L, 11L, 10L, 7L, 
    11L, 2L, 11L, 3L, 11L, 11L, 6L, 11L, 1L, 11L, 11L), col5 = c(11L, 
    1L, 2L, 2L, 11L, 11L, 1L, 10L, 2L, 11L, 1L, 3L, 11L, 11L, 
    8L, 8L, 11L, 11L, 11L, 2L, 9L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-21L))

У меня есть функция, которая сравнивает столбцы в каждой группе. Я бы хотел, чтобы он сравнивал не все столбцы между собой, а только те, которые я выбираю.

Теперь функция сравнивает:(2-3;2-4;2-5;2-6;3-4;3-5;3-6;4-5;4-6;5-6)

Я хочу сам установить этот порядок, например:(2-4;3-5;4-6)

Функция:

wilcox.fun <- function(dat) { 
  do.call(rbind, combn(names(dat), 2, function(x) {
    test <- wilcox.test(dat[[x[1]]], dat[[x[2]]], paired=TRUE)
    data.frame(Test = sprintf('Group %s by Group %s', x[1], x[2]), 
               W = round(test$statistic,4), 
               p = test$p.value)
  }, simplify = FALSE))
}


result <- purrr::map_df(split(data[,c(2,3,4,5,6)], data$group), wilcox.fun, .id = 'Group')
Источник

Ответы (1)

avatar
Ronak Shah
9 августа 2021 в 03:20
1

Вы можете создать список векторов с интересующей вас комбинацией. Измените combn в функции, которая вычисляет каждую комбинацию, на lapply, которая будет рассчитывать только для определенных комбинаций, которые мы определили, и объедините результат с purrr::map_df.

combination <- list(c(2, 4), c(3, 5), c(4, 6))

wilcox.fun <- function(dat) { 
  do.call(rbind, lapply(combination, function(x) {
    test <- wilcox.test(dat[[x[1]]], dat[[x[2]]], paired=TRUE)
    data.frame(Test = sprintf('Group %s by Group %s', x[1], x[2]), 
               W = round(test$statistic,4), 
               p = test$p.value)
  }))
}

result <- purrr::map_df(split(data, data$group), wilcox.fun, .id = 'Group')
GOGA GOGA
9 августа 2021 в 03:38
0

Да, это сработало для меня. А можно еще подсказать, нужно ли сделать смещение для вектора (2,3,4) на +2 и сравнить (2-4;3-5;4-6)?

Ronak Shah
9 августа 2021 в 03:44
0

Прямо сейчас 2–4, 3–5, 4–6 соответствуют номерам столбцов в исходном data, поэтому номер столбца 2–4 — col1-col3, 3–5 — col2-col4. Соответственно измените числа в combinations. Чтобы было ясно, вы также можете изменить combination с номера на имя, например combination <- list(c('col1', 'col3'), c('col2','col4'),...etc), и это должно работать с тем же кодом.

GOGA GOGA
9 августа 2021 в 06:45
0

а не могли бы вы подсказать как ограничить количество групп, например сравнение для 1 и 2, а для третьей не надо

Ronak Shah
9 августа 2021 в 10:36
0

Я вижу, что вы задали новый вопрос по этому поводу и уже получили ответ.